2019年1月，华南师范大学与中科院近代物理研究所联合发起筹建
2020年4月，计算集群建成，服务器运行在一个租用的集装箱机房内
2020年10月，南方核科学计算中心正式成立，同时机房正式开工建设
2021年11月，计算中心机房建成并投入正式使用